酵母单杂技术是1993年由Li et al从酵母双杂交技术发展而来的。该方法可以鉴定与某个特定DNA序列结合的蛋白所对应的基因。以ACS(ARS consensus sequence)为目的DNA构建UAS-Pmin-lacZ表达盒并整合至酵母基因组中作为报告菌株，并将与AD融合表达的文库转化至报告菌株，如果文库中某个蛋白与目的DNA序列相互作用，则可启动lacZ表达，菌落呈蓝色。因此，可以通过检测报告基因表达与否来判断顺式作用元件与转录因子是否发生互作。