酵母双杂交系统由Fields和Song等首先在研究真核基因转录调控中建立 。典型的真核生物转录因子，含有二个不同的结构域：DNA结合结构域(DNA-binding domain，BD)和转录激活结构域(transcription-activating domain，AD)。前者（BD）可识别DNA上的特异序列，并使转录激活结构域（AD）定位于所调节的基因的上游，转录激活结构域（AD）可同转录复合体的其他成分作用，启动它所调节的基因的转录。