16S、18S、ITS等扩增子测序

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域,通过检测目标区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。

应用方向:医学领域:疾病与人体微生物间关系,如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等;

环境领域:某一特定环境(雾霾、沙尘等污染环境,住宅、商场等生活环境)的微生物群落组成,有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋等微生物群落分布和组成等;

畜牧领域:肠道、瘤胃等微生物与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系;

农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等;

生物能源:特殊功能的菌株、工程菌的开发;

特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。

实验原理


16S、18S、ITS等扩增子测序.png

采用 2 轮 PCR 进行靶向富集和建库,首先第一轮 PCR 选择合适的区间引物,进行 PCR 扩增富集;然后第二轮 PCR,加上 index 和接头序列。跑胶确认无误后,即可送测序。然后使用生信手段,基于目标区域的测序结果,检测序列丰度,以充分研究环境微生物多样性和群落结构差异性。

 

服务内容

提供从样本提取、建库测序和生信分析的一站式服务。

样本类型

建议送样量

最低送样量

土壤/污泥/沉积物/腐殖质

3g

0.5g

水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm)

2张

1张

拭子

3个

1个

瘤胃液/发酵液/组织液(离心有明显沉淀)

3mL,沉淀1g

1mL,沉淀0.5g

粪便/肠道内容物

2g(小鼠 6 粒)

0.5g(小鼠 3 粒)

动物/人组织

1g

0.5g

血浆

3mL

1mL

鲜奶

20mL

8mL

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

服务内容

提供从样本提取、建库测序和生信分析的一站式服务。

样本类型

建议送样量

最低送样量

土壤/污泥/沉积物/腐殖质

3g

0.5g

水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm)

2张

1张

拭子

3个

1个

瘤胃液/发酵液/组织液(离心有明显沉淀)

3mL,沉淀1g

1mL,沉淀0.5g

粪便/肠道内容物

2g(小鼠 6 粒)

0.5g(小鼠 3 粒)

动物/人组织

1g

0.5g

血浆

3mL

1mL

鲜奶

20mL

8mL